Hohe Priorität für das GFZ hatte bereits in den vergangenen Jahren die Minderung seiner Treibhausgas-Emissionen. Als Teil der Nutzergemeinschaft des Wissenschaftsparks „Albert Einstein“ auf dem Telegrafenberg bezieht das GFZ seit 2017 seinen Strom aus erneuerbaren Energiequellen. Konkret kommt dieser Strom aus einem Wasserkraftwerk in Österreich und erfüllt die höchsten Ansprüche hinsichtlich ökologischer Parameter. Dadurch konnte der CO₂-Fußabdruck des GFZ um etwa 3000 Tonnen CO₂ gesenkt werden, was einer Verringerung von etwa 50% entspricht.

Dies allein reicht aber nicht aus, damit das GFZ in den kommenden Jahren ein wirklich klimafreundliches Zentrum werden kann, wie es die CO₂-Minderungsziele in Deutschland erfordern. Ziel ist die Klimaneutralität des GFZ zu einem noch in der Diskussion befindlichen Zeitpunkt im Zeitraum 2030 bis 2040.

Die größten Anteile am CO₂-Fußabdruck des GFZ besitzen Emissionen durch dienstliche Flugreisen, Beschaffung/Einkauf, Erdgasverbrennung zu Heizzwecken und tägliche Arbeitsplatzmobilität. Sporadisch fallen zudem erhebliche Emissionen im Zuge von Baumaßnahmen an. Hauptsächliche Wege in Richtung der Klimaneutralität sind also Vermeidung und Verminderung der Emissionen, letzteres zum Beispiel durch technische Modernisierungen. Ein gegebenenfalls nicht zu vermeidender Sockel an Emissionen muss dann noch durch Kompensationsleistungen ausgeglichen werden.